瓊斯多年來在有爭議的教練特雷弗·格拉漢姆的指導下訓練，他所在的位於北卡羅來納州的Sprint Capitol公司正在接受違禁興奮劑藥品的調查，而他本人也正在被聯邦陪審團調查。瓊斯也在加拿大教練查理·弗朗西斯（Charlie Francis）的指導下訓練過一段時間，弗朗西斯已經承認提供興奮劑給加拿大短跑運動員本·約翰遜，約翰遜在1988年漢城奧運會創下了100米跑的世界記錄後的藥檢呈陽性。[7][8]
2004年12月3日，巴爾科（BALCO）的創建人維克多·孔蒂（Victor Conte）在接受美國廣播公司的採訪時透露，他曾在2000年悉尼奧運會之前、期間和之後個人提供給瓊斯5種不同的興奮劑。在調研中，記者蘭斯·威廉姆斯（Lance Williams ）和馬克·費納魯-韋德（Mark Fainaru-Wada）也報導瓊斯從BALCO得到了違禁的藥品，瓊斯的前夫C·J·亨特也作證親眼看到瓊斯自己注射激素類藥品。[9]
在亨特的描述中，瓊斯在悉尼奧運會之前就開始使用興奮劑。[7]開始他告訴調查員，瓊斯從格拉漢姆那裏得到EPO，格拉漢姆從一個墨西哥人那裏取得藥品。後來他又說格拉漢姆拜訪了孔蒂，後者開始給這位教練提供BALCO的藥品，那些藥品被分發到了瓊斯和其它Sprint Capitol運動員手中。再後來，亨特告訴聯邦調查員，瓊斯開始直接從孔蒂那裏獲得違禁藥品。
瓊斯從來沒有在現有的興奮劑檢查系統中查出陽性，並且也沒有足夠的證據表明她服用了其它類型的興奮劑。
2006年EPO測試
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2006年6月23日在印第安納波利斯舉行的美國田徑錦標賽中，瑪里昂·瓊斯的A瓶查出紅細胞生成素（EPO）陽性，這是一種違禁的興奮劑。《華盛頓郵報》報導了該消息。瓊斯以個人原因為由缺席了在瑞士舉行的田徑會議。她否認使用了興奮劑，並聘請霍華德·雅各布斯（Howard Jacobs）作為她的律師，雅各布斯曾經受理過多件類似的案子，包括蒂姆·蒙哥馬利和自行車運動員弗洛伊德·蘭迪斯。2006年9月6日，瓊斯的律師全部B瓶檢測呈陰性，這樣證明瓊斯是清白的。[10]
承認罪行
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2007年10月5日，瓊斯在美國聯邦法庭上承認自己在2000年奧運會使用了違禁藥品的罪行。[1]她向法官懺悔自己在BALCO案件中做出虛假的供詞。她被要求交出她持有的美國和伯利茲護照，等待1月的審訊結果。儘管最長可能被宣判5年的牢獄，律師在瓊斯的認錯書中提出最多判處6個月的監獄的建議。[11]
在BALCO案件中，她曾經向聯邦調查局否認自己使用了肌肉增強劑（Tetrahydrogestrinone，縮寫THG），她稱自己一直以為兩年在服用特雷弗·格拉漢姆提供的亞麻仔油。在公開信中，瓊斯承認自己在2002年底前在格拉漢姆的擔任教練期間使用激素類藥物。她辯稱在2003年聯邦調查員詢問她時說謊是因為她在他們出示THG的樣品時她驚慌失措。在信中瓊斯為自己欺騙了世界表示道歉。[1][12]
美國奧林匹克委員會主席彼得·尤伯羅斯（Peter Ueberroth）對瓊斯事件的發表聲明，要求瓊斯立刻歸還她所獲得的奧運會獎牌。尤伯羅斯表示：「她的認罪遲到了很久，內心的羞愧和不誠實罪惡感令她坦承一切。」[13]國際奧委會希望瓊斯在1月的審判之前歸還2000年悉尼奧運會所獲得的3塊金牌和2塊銅牌。[11]
瓊斯承認服用禁藥也將影響以前她獲得的獎牌，其中包括她獲得的眾多的世界錦標賽獎牌。[14]
她因此2008年3月6日德州監獄入獄，於同年9月出獄。
禁藥事件之後
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雖然情況有如之後的蘭斯·岩士唐事件，反禁藥組織稱為「最精密、最完美、最成功的禁藥計劃」，但是由於自己承認被禁賽2年，也不影響其他項目的運動。
她在2010重回當初挖角的WNBA，參與土爾沙震動的隊伍，2011年7月21日退役，就此從運動界上退休。